A Procuradoria Federal junto à Fiocruz, criada pela Lei nº 10.480, de 02 de julho de 2002, integra a Procuradoria Geral Federal (PGF), órgão vinculado à Advocacia Geral da União (AGU).
No âmbito da Fiocruz, a Procuradoria Federal é órgão de assistência direta e imediata ao presidente e demais dirigentes da instituição.
Ela atua, por intermédio da Coordenação de Licitações e Contratos e da Coordenação de Consultoria, no exame prévio da legalidade dos atos administrativos e orientação do gestor público no exercício de suas atividades, observando-se, sempre, os princípios constitucionais da Administração Pública.