A Fiocruz tem como uma de suas missões preservar o patrimônio edificado relacionado à sua história e aos seus campos de atividade. Os campi da Fundação no Rio de Janeiro, além de abrigarem importantes exemplares arquitetônicos de épocas variadas, apresentam elevado potencial urbano e paisagístico. A preservação desse patrimônio cabe ao corpo técnico do Departamento de Patrimônio Histórico (DPH) da Casa de Oswaldo Cruz.
No campus Manguinhos, na Zona Norte do Rio de Janeiro, destacam-se dois tipos de arquitetura. O conjunto eclético é composto pelas antigas instalações da Fazenda Manguinhos e pelas edificações que foram erigidas entre 1904 e 1919, formando o Núcleo Arquitetônico Histórico de Manguinhos (NAHM). O núcleo é composto pelas edificações projetadas pelo engenheiro-arquiteto Luiz Moraes Jr., com grande participação do próprio Oswaldo Cruz: o Castelo Mourisco (prédio principal); o Pavilhão do Relógio ou da Peste; a Cavalariça; o Quinino ou Pavilhão Figueiredo Vasconcellos; o Pombal ou Biotério para Pequenos Animais; o Hospital Evandro Chagas e a Casa de Chá. Na década de 1940, novos prédios foram erguidos para abrigar as atividades em expansão, formando o conjunto de edificações modernistas, que inclui o Pavilhão do Refeitório Central e o Pavilhão de Cursos, projetados por Jorge Ferreira e tombados pelo Instituto Estadual do Patrimônio Cultural (Inepac); a portaria da Av. Brasil, de Nabor Foster e o Pavilhão da Febre Amarela, de Roberto Nadalutti. Ambos os conjuntos estão envolvidos e emoldurados por extensa área verde.
Um acervo hoje pertencente à Fundação, de grande valor histórico para a área da saúde, é o campus Mata Atlântica. Localizado junto ao maciço da Pedra Branca, ocupa parte da antiga Colônia de Alienados Juliano Moreira, implantada entre 1919 e 1924 em Jacarepaguá, Zona Oeste do Rio de Janeiro. Este bairro se destacaria por abrigar importantes instituições de saúde para tratamento de tuberculosos, hansenianos e doentes mentais.
Desde 1998, a Fiocruz também cuida do Palácio Itaboraí, no bairro Valparaíso, em Petrópolis (RJ). O casarão foi construído em 1892 como casa de veraneio do projetista e construtor italiano Antonio Jannuzzi. As obras recentes de restauração desse importante patrimônio para a cidade de Petrópolis, com patrocínio da Petrobras e do BNDES, recuperaram alguns espaços internos alterados pelas diversas instituições que ocuparam a edificação ao longo se sua existência, valorizando sua referência à arquitetura renascentista italiana. Tais obras visaram, ainda, a atender ao seu novo uso como local de eventos sócio-culturais da Fiocruz.
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