A Fiocruz tem sua sede em Manguinhos, na Zona Norte do Rio de Janeiro, onde estão os prédios históricos do antigo Instituto Soroterápico Federal – como o Pavilhão Mourisco, o Pavilhão do Relógio e a Cavalariça.
Outras unidades finalísticas estão nas cidades do Rio de Janeiro, Belo Horizonte, Salvador, Recife, Manaus, Brasília e Curitiba. Existem ainda novas unidades que estão em estruturação nos estados de Mato Grosso do Sul, Ceará, Rondônia e Piauí.