A Diretoria Executiva é a instância corporativa que tem como objetivo coordenar e integrar os diversos campos da gestão, promovendo o adequado alinhamento entre as diversas áreas que a compõem para o alcance dos objetivos estratégicos da instituição. Coordenada pelo vice-presidente de Gestão e Desenvolvimento Institucional, Mario Santos Moreira, a Diretoria Executiva (DE) é composta por:
Coordenação-Geral de Administração (Cogead)
Coordenação-Geral de Gestão de Pessoas (Cogepe)
Coordenação-Geral de Infraestrutura dos Campi (Cogic)
Coordenação-Geral de Planejamento Estratégico (Cogeplan)
Coordenação-Geral de Tecnologia de Informação (Cogetic)
Coordenação da Qualidade da Fiocruz (Cquali)
Auditoria Interna (Audin)
Procuradoria Federal (PF)
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