Nesta seção estão relacionados os principais cargos da Fundação Oswaldo Cruz, bem como os seus respectivos ocupantes e contatos.
• Presidência
• Órgãos de Assessoria Direta à Presidência
Unidades Técnico-Administrativas
• Coordenação-Geral de Infraestrutura dos Campi (Cogic)
• Coordenação-Geral de Administração (Cogead)
• Coordenação-Geral de Planejamento Estratégico (Cogeplan)
• Coordenação-Geral de Gestão de Pessoas (Cogepe)
• Coordenação-Geral de Gestão de Tecnologia de Informação (Cogetic)
Unidades Técnico-Científicas
• Casa de Oswaldo Cruz (COC)
• Instituto Aggeu Magalhães (Fiocruz Pernambuco)
• Instituto Gonçalo Moniz (Fiocruz Bahia)
• Instituto Leônidas e Maria Deane (Fiocruz Amazônia)
• Instituto René Rachou (Fiocruz Minas)
• Escola Nacional de Saúde Pública Sergio Arouca (Ensp)
• Escola Politécnica de Saúde Joaquim Venâncio (EPSJV)
• Instituto Carlos Chagas (ICC)
• Instituto de Ciência e Tecnologia em Biomodelos (ICTB)
• Instituto de Comunicação e Informação Científica e Tecnológica em Saúde (Icict)
• Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas (Ipec)
• Instituto de Tecnologia em Fármacos (Farmanguinhos)
• Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Biomanguinhos)
• Instituto Nacional de Saúde da Mulher, da Criança e do Adolescente Fernandes Figueira (IFF)
• Instituto Nacional de Controle da Qualidade em Saúde (INCQS)
• Instituto Oswaldo Cruz (IOC)