A Fiocruz é uma das instituições parceiras do Ministério do Meio Ambiente (MMA) nos Projetos Nacionais de Ações Integradas Público-Privadas para Biodiversidade (Probio I e Probio II), que visam a preservação da biodiversidade, impulsionando a transformação dos modelos de produção, consumo e de ocupação do território nacional.
Dessa parceria resultou a criação do Centro de Informação em Saúde Silvestre (Ciss), espaço virtual dedicado às saúdes humana e silvestre.
A Fundação contribui também para a promoção da Política Nacional de Plantas Medicinais e Fitoterápicos (PNPMF), que associa a preservação da biodiversidade a um projeto de desenvolvimento e inclusão social.
A Vice-Presidência de Ambiente, Atenção e Promoção da Saúde (VPAAPS) da Fiocruz é membro titular do Comitê Nacional de Plantas Medicinais e Fitoterápicos, coordenado pelo Departamento de Assistência Farmacêutica (DAF), do Ministério da Saúde.
O termo de cooperação inclui o apoio aos serviços de assistência farmacêutica em fitoterapia nos municípios; a estruturação de uma rede de tecnologias sociais para mapeamento, sistematização e troca de informações nesse campo; e o apoio a estudos e projetos por meio de cooperações técnicas com instituições nacionais focadas nos diversos biomas brasileiros.
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