Os gerenciadores de referências permitem armazenar, gerenciar e citar as referências bibliográficas, de acordo com as normas específicas de cada periódico ao qual o pesquisador pretende submeter seu trabalho para publicação. Os aplicativos mais conhecidos para consulta às bases de dados, organização das referências e citações são:
Bibster - http://bibster.semanticweb.org (Software Livre)
Citeulike - http://www.citeulike.org (Software Livre)
JabRef - http://jabref.sourceforge.net (Software Livre)
RefBase - http://www.refbase.net (Software Livre)
RefWorks - http://www.refworks.com (Software Livre)
Zotero - http://www.zotero.org (Software Livre)
EndNote Web - O software é financiado pela CAPES e disponibilizado pela Fiocruz. Para utilizá-lo é necessário fazer um registro, com indicação de e-mail e senha e preenchimento do perfil de usuário. O cadastro pode ser feito na página do EndNote Web - http://www.myendnoteweb.com, em ‘Sign Up’, de qualquer microcomputador cadastrado na Fiocruz ou por acesso remoto.