Todas as unidades técnico-científicas da Fiocruz desenvolvem programas de pós-graduação stricto sensu com cursos de doutorado, mestrado acadêmico ou profissional. São 32 programas inseridos em dez áreas de avaliação da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes).
A Fundação oferece ainda diversos cursos de pós-graduação lato sensu (especialização e residência); e de educação profissional, por meio da Escola Politécnica de Saúde Joaquim Venâncio (EPSJV/Fiocruz).
Também estão disponíveis cursos de pós-graduação lato sensu e educação profissional na modalidade à distância, além de diversos cursos livres voltados à qualificação profissional, como a respeito da temática da Covid-19.
Todas as formações estão disponibilizadas no Campus Virtual Fiocruz que abarca, ainda, o Ecossistema Educare, uma iniciativa que concentra os recursos educacionais abertos (REA) da Fiocruz, como vídeos, podcasts, apresentações, exercícios, jogos, cursos completos, entre outros voltados ao aprendizado e compartilhamento do conhecimento.