Todas as unidades técnico-científicas da Fiocruz desenvolvem programas de pós-graduação stricto sensu, com cursos de doutorado, mestrado acadêmico ou profissional. São 32 programas, inseridos em dez áreas de avaliação da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes).
A Fundação oferece ainda diversos cursos de pós-graduação lato sensu (especialização e residência); e de educação profissional, por meio da Escola Politécnica de Saúde Joaquim Venâncio (EPSJV/Fiocruz).
Também estão disponíveis cursos de pós-graduação lato sensu e educação profissional na modalidade a distância.
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