Pioneirismo da Fiocruz se consolida com democracia interna 

Carlos Morel, que havia sido vice-presidente durante a gestão de Sergio Arouca, foi presidente de 1992 a 1997, quando optou por deixar o cargo e não concorrer à reeleição. Entre as gestões de Schatzmayr e Morel a Fiocruz teve outro presidente interino: Euclides Ayres de Castilho.

O pesquisador Eloi Garcia, que também tinha sido vice-presidente de Pesquisa, venceu a eleição de 1996 e foi nomeado pelo presidente Fernando Henrique Cardoso. Chegava à Presidência um pesquisador que muitos anos antes, em 1964, ao passar a bordo de um ônibus pela Avenida Brasil, vindo de Minas Gerais, e ver pela primeira vez o Castelo de Manguinhos, se lembra de ter ficado "arrepiado".

O pediatra e sanitarista Paulo Buss, ex-diretor da Escola Nacional de Saúde Pública, tomou posse em 2001. Buss foi eleito pela primeira vez em 2000, após ter perdido – por uma pequena porcentagem de votos – a eleição de 1996. E foi reeleito em 2004, quando pela primeira vez houve apenas uma candidatura. Foi na vitoriosa campanha de Paulo Buss, em 2000, que surgiu o mote "Orgulho de ser Fiocruz", representando o contentamento, por parte dos servidores, de pertencerem a uma instituição que vive plenamente a democracia e a gestão participativa.

Em seguida houve o período do médico Paulo Gadelha como presidente da Fundação. Gadelha, que foi vice-presidente de Desenvolvimento Institucional, Informação e Comunicação (2001 a 2004) e vice-presidente de Desenvolvimento Institucional e Gestão do Trabalho (2005 a 2008), ao concorrer pela primeira vez, em 2004, também foi candidato único. Na reeleição, em 2008, concorreu com a pesquisadora Tania Araújo-Jorge.  

Ao deixar o cargo, em janeiro de 2017, Gadelha, profundo conhecedor da história da Fiocruz, fez questão de reforçar o papel pioneiro da instituição desde o tempo daqueles que chama de Pais Fundadores, como Oswaldo Cruz e Carlos Chagas, entre outros, tanto nas áreas da ciência e da saúde pública, quanto na de cidadania.

"Enxergar longe no tempo e no espaço continua sendo uma característica desta Fundação", afirmou Gadelha. "A Fiocruz é uma instituição estratégica do Estado brasileiro. Não existe experiência exitosa de desenvolvimento que tenha prescindido do Estado, e a Fiocruz comprova essa tese de maneira exemplar", completou.

A mais recente eleição para presidente da Fiocruz, em 2016, pela primeira vez alçou uma mulher ao maior cargo da instituição. A socióloga Nísia Trindade Lima, que tinha ocupado a Vice-Presidência de Ensino, Informação e Comunicação, concorreu com a pesquisadora Tania Araújo-Jorge e foi a mais votada. Nomeada pelo presidente Michel Temer, Nísia tomou posse em janeiro de 2017.

Arlindo Fábio Gómez de Sousa avalia que o início do processo democrático da Fiocruz corresponde plenamente ao que se viveu no Brasil a partir da redemocratização. "Houve a campanha pelas Diretas Já, com a vontade de todos participarem e escolherem os dirigentes. As condições externas eram favoráveis à implantação de um processo democrático na Fiocruz. O país aspirava à liberdade".  

E já em 1985 ocorreu a primeira eleição para diretor de uma unidade, quando os servidores da Ensp/Fiocruz escolheram o médico Frederico Simões Barbosa como diretor. A partir daí as demais unidades também passaram a escolher seus dirigentes pelo voto dos servidores.

Para o sociólogo, a Fiocruz, uma instituição de C&T&I que tem um processo interno de escolha de seus dirigentes, com participação de todos, é sinônimo de democracia. "Estão aí o Congresso Interno, o Conselho Deliberativo, formado pelos diretores das unidades, os colegiados, as câmaras técnicas, as eleições para presidente e para diretores, os conselhos deliberativos de cada uma das unidades, a articulação com instituições de saúde, ciência e tecnologia, com universidades e o Congresso Nacional. A unidade da comunidade no apoio a esses instrumentos ajuda a viabilizar os avanços no processo de democratização, que está sempre inovando".