Ômicron representa quase 100% dos genomas sequenciados pela Fiocruz

A Rede Genômica Fiocruz divulgou, na última sexta-feira (11/3), uma atualização dos resultados da vigilância sobre as linhagens e variantes do vírus Sars-CoV-2 no Brasil. Os dados do relatório se referem ao período de 11 de fevereiro a 3 de março de 2022. Nessas três semanas, o Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo do Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz), no Rio de Janeiro, e os laboratórios integrantes da Rede Genômica Fiocruz em outros cinco estados (Amazonas, Bahia, Ceará, Minas Gerais e Pernambuco) produziram 2.971 genomas. Junto às unidades de Piauí e Paraná, esses oito centros de monitoramento atendem aos 26 estados brasileiros, além do Distrito Federal. 

Em fevereiro, a variante Ômicron correspondeu a mais de 99,7% dos genomas sequenciados, ante 95,9% em janeiro e 39,4% em dezembro. A publicação indica também que a circulação da subvariante BA.2, detectada no país no início de fevereiro, é considerada baixa: até o fechamento do relatório, foram registrados 21 genomas dessa linhagem. O Laboratório de Referência Nacional também sequenciou os genomas de primeira e segunda amostra de 10 casos de reinfecção relacionados à BA.1.

As primeiras amostras da Ômicron no Brasil foram de casos coletados no fim de novembro de 2021. Pouco mais de um mês depois, em janeiro de 2022, a variante já dominava completamente o cenário epidemiológico no país. No momento, a Ômicron é classificada em mais de 40 linhagens, iniciadas pela sigla BA. No Brasil, foram identificadas apenas três: BA.1 (13.072 genomas), BA.1.1 (2.193 genomas) e BA.2 (21 genomas). 

As informações foram coletadas pelos pesquisadores da Rede a partir da parceria e colaboração com os Laboratórios Estaduais de Saúde Pública (Lacens), da Coordenação-Geral de Laboratórios do Ministério da Saúde, de Laboratórios de Assistência Diagnóstica da Fiocruz e outras instituições brasileiras. O acesso à base de dados EpiCoV do Gisaid, uma iniciativa internacional de vigilância genômica de novo coronavírus e Influenza, também auxilia o trabalho de monitoramento da Rede. 

Neste relatório, a mediana do intervalo entre a coleta da amostra e o depósito do genoma no Gisaid foi de 59 dias, com diferenças significativas entre as unidades federativas. Entretanto, os pesquisadores ressaltam que há uma forte tendência a diminuir este intervalo, uma vez que, nos últimos meses, a mediana ficou abaixo de 31 dias. 

Desde o início de suas atividades, a Rede Genômica Fiocruz já produziu 560 relatórios, que totalizam 36.476 genomas sequenciados. Confira todas as instituições que integram a Rede Genômica Fiocruz. 

Testes RT-PCR

Em janeiro, o site da Rede Genômica Fiocruz passou a disponibilizar as informações sobre testes RT-PCR capazes de inferir a presença de variantes de preocupação, como Gama, Delta ou Ômicron. Estes exames estão sendo realizados pelos Lacens e por Laboratórios de Assistência Diagnóstica da Fiocruz.

Os resultados deste exercício de monitoramento apresentaram um alto grau de concordância com os dados de sequenciamento, sugerindo uma taxa de circulação de mais de 99% da Ômicron a partir do mês de janeiro. Uma vantagem desta abordagem é a rapidez no retorno de resultados sem a necessidade de se sequenciar as amostras, além da possibilidade de este tipo de exame ser decentralizado e executado em diversos outros centros do país.

De novembro de 2021 a fevereiro de 2022, foram realizados 12.187 testes em 19 unidades federativas (Acre, Amapá, Amazonas, Bahia, Ceará, Distrito Federal, Mato Grosso do Sul, Pará, Paraíba, Piauí, Rio de Janeiro, Rio Grande do Norte, Rio Grande do Sul, Rondônia, Roraima, Santa Catarina, São Paulo, Sergipe e Tocantins).