Fiocruz Pernambuco desenvolve metodologia para detecção de variantes da Covid-19

Acaba de ser desenvolvida na Fiocruz Pernambuco uma metodologia que visa tornar mais simples e ágil, além de mais barato, o monitoramento das variantes do novo coronavírus. É baseada em uma técnica que já é largamente utilizada e disponível no Brasil e no mundo, o sequenciamento de Sanger - também denominado sequenciamento por eletroforese capilar. O artigo com esse achado acaba de ser disponibilizado online como preprint na plataforma MedRxiv.

O teste foi elaborado pela equipe da Fiocruz Pernambuco que realiza o monitoramento de novas variantes do Sars-CoV-2 no estado, utilizando infraestrutura e tecnologia de ponta disponíveis no Laboratório de Nível de Biossegurança 3 (NB3) e no Núcleo de Plataformas Tecnológicas (NPT) da instituição. O trabalho é realizado a partir de amostras fornecidas pelo Lacen/PE, sob encomenda da Secretaria de Saúde do Estado de Pernambuco (SES/PE). O grupo integra também a Rede de Monitoramento Genômico da Covid-19 da Fundação Oswaldo Cruz.

Este trabalho que assume uma maior relevância quando se observa a o surgimento e espalhamento das novas variantes e o recrudescimento da pandemia no Brasil e no mundo. A explosão de casos de Covid-19 observada em todo o Brasil no mês de março, por exemplo, está relacionada à variante P.1, identificada inicialmente no estado do Amazonas, que vem se espalhando rapidamente pelo país.

“É muito importante que a P.1, assim como todas as outras variantes do novo coronavírus, sejam continuamente monitoradas. Esses dados são fundamentais para o combate à doença, tanto do ponto de vista epidemiológico, quanto na adaptação das novas vacinas e de testes diagnósticos”, ressalta o técnico em Saúde Pública da Fiocruz Pernambuco, Matheus Figueira Bezerra, autor principal do artigo. A publicação tem como coautores outros profissionais e uma aluna da pós-graduação em Biociências e Biotecnologia em Saúde, todos da instituição: os pesquisadores Gabriel Wallau (Entomologia e Bioinformática), Marcelo Paiva (Entomologia), Cássia Docena (NPT), Sinval Brandão Filho (Imunologia), Constância Ayres (Entomologia), a técnica  Viviane Carvalho (NPT) e a doutoranda em BBS Laís Ceschini Machado. 

O estudo aponta que o sequenciamento completo do genoma viral, considerado hoje o padrão ouro para identificação dessas variantes, tem uma execução complexa, apresentando algumas dificuldades ao ser aplicado na vigilância epidemiológica da pandemia. O custo por amostra é elevado, principalmente em um momento em que a moeda brasileira está desvalorizada. A quantidade de laboratórios no Brasil (e no mundo) que tem um sequenciador de nova geração não é suficiente para atender à demanda atual. O procedimento para realizar o sequenciamento completo do genoma viral é demorado e a interpretação dos resultados é complexa, sendo necessário o trabalho de profissionais especializados em Bioinformática e o uso de computadores com alta capacidade de processamento de dados, fazendo com que os resultados demorem até semanas para ficar prontos. Além de tudo isso, alguns itens necessários para o sequenciamento estão em falta nos fornecedores pela alta demanda, o que dificulta o trabalho dos pesquisadores.

Matheus explica que, para contornar essas dificuldades, foi escolhido um trecho pequeno do genoma do vírus para ser sequenciado, que contém informações suficientes para diferenciar as variantes entre si, sem precisar sequenciar as 29 mil bases que compõe o genoma completo do Sars-CoV-2. Muitas das mutações-chave encontradas nessas variantes mais transmissíveis do vírus acontecem em uma região especifica do gene S. “Após definirmos qual trecho analisaríamos, aplicamos o método em amostras das linhagens P.1, P.2 e B1.1 (esta última utilizada como controle, ou seja, não apresenta as mutações mais importantes atualmente detectadas nas linhagens de preocupação) e comparamos os resultados obtidos com o protocolo de sequenciamento genômico, e observamos que houve 100% de concordância  entre eles”.

A grande vantagem dessa técnica é que ela pode ser executada com um aparato tecnológico mais simples, o sequenciamento por eletroforese capilar (ou sequenciamento de Sanger). Além de ser mais rápida, simples e barata, a disponibilidade desses equipamentos é bem maior que dos sequenciadores de nova geração. 

O cientista ressalta que a ideia não é substituir o sequenciamento completo do genoma, pois à medida que o vírus vai evoluindo, outras variantes vão surgir e será necessária a cobertura completa desses genomas. “O objetivo do nosso método é na verdade possibilitar que o monitoramento das variantes seja realizado em uma escala bem maior de amostras, com redução significativa no tempo e custo de processamento”, resume.

A divulgação desse teste visa permitir que sua metodologia possa ser amplamente conhecida e adotada pelo maior número de laboratórios. Isso pode agilizar os resultados desse tipo de análise e fornecer aos gestores da Saúde informações de forma mais rápida sobre a ocorrência dessas variantes, para embasar a tomada de decisões e a adoção das medidas sanitárias pelos governos municipais, estaduais e federal.