Biorrepositório permitirá estudos complementares das variantes

Nesta quinta-feira (17/2) a Rede Genômica Fiocruz divulgou novos dados a respeito das linhagens e variantes do vírus Sars-CoV-2 no Brasil. Os dados são computados semanalmente na plataforma da Rede, com a obtenção de dados da plataforma EpiCoV, do GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data), uma plataforma internacional para compartilhamento de dados genômicos dos vírus de influenza e Sars-CoV-2.

Conforme visto anteriormente, a variante Ômicron continua sendo largamente predominante no país e até o fechamento desses novos números, em fevereiro, já foram identificadas três de suas linhagens no Brasil: BA.1 (9.821 genomas), BA.1.1 (1.269 genomas) e BA.2 (8 genomas). Outro destaque divulgado junto com os novos dados é que o Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo do Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz) passa a disponibilizar um biorrepositório com linhagens de Sars-CoV-2 de referência, isoladas, para a realização de estudos complementares. Isso permitirá o compartilhamento com outros grupos de pesquisadores para comparação, ensaios de neutralização e outras finalidades de pesquisa.

Os pesquisadores da Rede Genômica Fiocruz também fazem um alerta: é necessário reduzir o tempo entre a coleta da amostra e o depósito do genoma na plataforma GISAID para que o Brasil consiga fazer vigilância genômica em tempo real. A publicação da Rede mostra que a mediana deste intervalo da coleta à entrega no GISAID foi de 59 dias, com média de 82 dias, com diferenças significativas entre as unidades da Federação. No campo da genômica os cenários mudam rapidamente, o que requer maior celeridade nos processos.

No período abarcado pelos novos dados, as unidades da Fiocruz depositaram na plataforma EpiCoV do GISAID um total de 6.539 genomas. A amostragem utilizada pela Rede Genômica da Fiocruz em apoio à rede nacional de vigilância de vírus respiratórios se baseia em em amostras representativa dos casos positivos para Sars-CoV-2 por teste RT-PCR em tempo real, realizados em cada unidade da Federação (UF), e em amostras de eventos inusitados identificados pelas vigilâncias locais.

Os pesquisadores da Rede Genômica Fiocruz ressaltam que todo o monitoramento de vigilância tem sido possível não apenas por conta da plataforma GISAID, mas em especial pela parceria e colaboração dos Laboratórios Estaduais de Saúde Pública (LACENs) e da Coordenação-Geral de Laboratórios do Ministério da Saúde. E também de colaboradores da plataforma GISAID no Brasil, que contribuem com depósitos. 

Inovação

De acordo com a Rede, pesquisadores do Instituto Leônidas e Maria Deane (ILMD/Fiocruz Amazônia) detectaram a perda de informações no genoma de algumas amostras circulantes no Brasil como consequência de drop-out, que é a incapacidade de amplificação de algumas regiões do genoma para a identificação da variante. Para resolver o problema, foram testadas e aprimoradas duas soluções que resultaram em uma queda significativa dessa perda em quatro regiões do genoma de amostras pertencentes às variantes Gama, Delta e Ômicron. 

A Rede Genômica Fiocruz é constituída por pesquisadores de diversas unidades da Fundação. Entre elas estão o Instituto Oswaldo Cruz, o Instituto Aggeu Magalhães (IAM/Fiocruz Pernambuco), o Instituto Leônidas e Maria Deane (ILMD/Fiocruz Amazônia), o Instituto Gonçalo Moniz (IGM/Fiocruz Bahia), a Fiocruz Ceará, a Fiocruz Mato Grosso do Sul, a Fiocruz Rondônia, a Fiocruz Paraná e a Fiocruz Piauí.

Os dados do novo relatório podem ser encontrados no site da Rede Genômica. Além de textos, infográficos, tabelas e esquemas visuais, a página também apresenta uma seção de glossário e outra de perguntas frequentes.