Entre as ações operacionais relativas ao intercâmbio internacional se destacam a elaboração de acordos, convênios e/ou memorandos de entendimento com as instituições dos países parceiros; o processamento dos afastamentos do país; a orientação para solicitação de passaporte especial e pedido de nota verbal; e o acolhimento de estrangeiros.
São os instrumentos formais de estabelecimento e fortalecimento de parcerias com instituições estrangeiras, realizados com base em planejamento mútuo e de acordo com as políticas de saúde dos países participantes. Tendo em vista o caráter geral desses documentos, é necessário formular Termos Complementares, com detalhamento de ações e recursos para projetos específicos.
A lista de convênios vigentes é cadastrada no Sistema de Apoio à Gestão Estratégica (Sage). As unidades técnico-científicas podem estabelecer convênios diretamente, porém com conhecimento prévio do Cris e da Procuradoria Federal da Fiocruz.