São os instrumentos formais de estabelecimento e fortalecimento de parcerias com instituições estrangeiras, realizados com base em planejamento mútuo e de acordo com as políticas de saúde dos países participantes. Tendo em vista o caráter geral desses documentos, é necessário formular Termos Complementares, com detalhamento de ações e recursos para projetos específicos.
A lista de convênios vigentes é cadastrada no Sistema de Apoio à Gestão Estratégica (Sage). As unidades técnico-científicas podem estabelecer convênios diretamente, porém com conhecimento prévio do Cris e da Procuradoria Federal da Fiocruz.
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