Produzir, disseminar e compartilhar conhecimentos e tecnologias voltados para o fortalecimento e a consolidação do Sistema Único de Saúde (SUS) e que contribuam para a promoção da saúde e da qualidade de vida da população brasileira, para a redução das desigualdades sociais e para a dinâmica nacional de inovação, tendo a defesa do direito à saúde e da cidadania ampla como valores centrais. (Aprovada no VI Congresso Interno)
Ser instituição pública e estratégica de saúde, reconhecida pela sociedade brasileira e de outros países por sua capacidade de colocar a ciência, a tecnologia, a inovação, a educação e a produção tecnológica de serviços e insumos estratégicos para a promoção da saúde da população, a redução das desigualdades e iniquidades sociais, a consolidação e o fortalecimento do SUS, a elaboração e o aperfeiçoamento de políticas públicas de saúde. (Aprovada no VI Congresso Interno)
Os valores da Fiocruz, pautados pela relevância da atuação da organização para a sociedade, são os alicerces de atitudes, comportamentos e características que configuram a doutrina essencial da organização. São valores da Fundação:
1 - Compromisso institucional com o caráter público e estatal.
2 - Ciência e inovação como base do desenvolvimento socioeconômico e da promoção da saúde.
3 - Ética e transparência.
4 - Cooperação e integração.
5 - Diversidade étnica, de gênero e sociocultural.
6 - Valorização dos trabalhadores, alunos e colaboradores.
7 - Qualidade e excelência.
8 - Redução das iniquidades.
9 - Compromisso com as principais metas de transformação social do Estado brasileiro.
10 - Compromisso socioambiental.
11 - Democracia participativa.
12 - Democratização do conhecimento.
13 - Educação como processo emancipatório.