A atividade original do INCQS é a realização de ensaios laboratoriais para o controle de qualidade de produtos com interesse para a saúde, integrando a rede oficial de laboratórios de vigilância sanitária do Sistema Nacional de Laboratórios de Saúde Pública (Sislab), da qual é o ente federal. Os produtos avaliados no INCQS são regulados pelo Sistema Nacional de Vigilância Sanitária, integrante do Sistema Único de Saúde. São eles:

• Medicamentos
• Produtos biológicos
• Sangue e hemoderivados
• Kits diagnósticos
• Produtos para a saúde
• Artigos e insumos para diálise
• Alimentos
• Saneantes
• Cosméticos
• Saúde ambiental

As análises realizadas no Instituto (químicas, físicas, físico-químicas, toxicológicas, imunológicas, farmacológicas, microbiológicas) podem ser classificadas em fiscais, prévias, de controle, de orientação e análises especiais. As análises fiscais são as efetuadas sobre os produtos submetidos ao Sistema Nacional de Vigilância Sanitária, em caráter de rotina, para apuração de infração ou verificação de ocorrência de desvio quanto à qualidade, segurança e eficácia dos produtos ou matérias-primas. As análises prévias são as efetuadas em determinados produtos sob o regime de vigilância sanitária, a fim de ser verificado se eles podem ser objeto de registro sanitário por parte da Autoridade Reguladora Nacional. As análises de orientação são efetuadas para monitorar determinadas características ou condições de produtos sob regime de vigilância sanitária. Geralmente estão voltadas a subsidiar programas de monitoramento do governo. As análises de controle são efetuadas em produtos sob o regime de vigilância sanitária, após sua entrega ao consumo, e destinadas a comprovar a conformidade do produto com as características informadas por ocasião do registro sanitário. O produto é recebido na CRA, encaminhado para os laboratórios aonde são realizadas as análises. Ao final da análise laboratorial para qualquer produto, e para qualquer das modalidades citadas acima, o resultado é a emissão de um laudo que será enviado para o solicitante.