Considerado o mais expressivo acervo do país sobre os processos políticos, sociais e culturais da saúde, o Acervo Histórico da Fiocruz reúne registros da atuação de Oswaldo Cruz e Carlos Chagas, e outros importantes cientistas brasileiros que se destacaram nos campos das ciências biomédicas e da saúde pública; além de documentos, fotografias e o primeiro esboço do Castelo Mourisco. O conjunto conta com mais de 100 fundos e coleções, datados de 1803 aos dias atuais, dos gêneros textual, iconográfico, cartográfico, sonoro e audiovisual.
O núcleo inicial do acervo arquivístico institucional da Fiocruz formou-se em 1986, com a criação da Casa de Oswaldo Cruz (COC/Fiocruz) e por meio de iniciativas destinadas à constituição de fontes de pesquisa histórica, valorização da memória e preservação do patrimônio cultural da própria Fiocruz. No mesmo período, iniciou-se a reunião de arquivos pessoais através de projetos que tinham por objetivo a constituição de fontes orais para pesquisa em história da saúde e das ciências.
Disponível para consulta no Departamento de Arquivo e Documentação da COC/Fiocruz, o arquivo histórico abriga fundos produzidos e acumulados pelos institutos que em 1970 passaram a integrar a Fiocruz, como também aqueles de cientistas, sanitaristas, médicos e técnicos que participaram da formulação e execução de políticas públicas de saúde, além de parcelas de arquivos de instituições da área da saúde.
Com a implantação do Sistema de Gestão de Documentos e Arquivos (Sigda), em 1995, é realizado o recolhimento dos documentos produzidos e acumulados pela própria instituição no decorrer de suas atividades em suas diferentes unidades.
Parte do acervo está disponível para consulta online na Base Arch, a base de dados do acervo arquivístico. Já a consulta presencial deve ser previamente agendada. O Departamento de Arquivo e Documentação também atende a pedidos de cessão de uso de documentos. Os serviços devem ser solicitados pela página Consultar arquivos históricos da Fiocruz, no portal Gov.br, e o atendimento é previamente agendado.
A VideoSaúde – Distribuidora da Fiocruz, vinculada ao Instituto de Comunicação e Informação Científica e Tecnológica em Saúde (ICICT), também criada em 1988, é um espaço de guarda, pesquisa, captação, catalogação, armazenamento, preservação, produção, fomento, distribuição e circulação de material audiovisual em saúde produzido pela Fiocruz, por outras instituições e por produtores independentes, com o objetivo de contribuir para o fortalecimento do Sistema Único de Saúde / SUS e para a melhoria das condições de vida e saúde da população brasileira.