A Fiocruz tem ampla atuação no campo de estudos, prevenção, tratamento e diagnóstico da tuberculose. A instituição é uma das integrantes da Rede Brasileira de Pesquisas em Tuberculose (Rede-TB) e conta também com o Observatório Tuberculose Brasil, que tem por objetivo fortalecer o SUS e contribuir para o controle da tuberculose com o monitoramento das políticas públicas de saúde e promoção do controle social. 

Por meio do Centro de Referência Prof. Hélio Fraga (CRPHF), instituição nacional de referência do SUS para tuberculose e outras pneumopatias pertencente à Escola Nacional de Saúde Pública Sergio Arouca (Ensp/Fiocruz), a Fiocruz promove um curso de especialização em controle da doença e desenvolve projetos nos campos de pesquisa clínica, promoção da saúde e desenvolvimento, estado e saúde. O CRPHF conta com um Laboratório de Bacteriologia da Tuberculose, referência na área em procedimentos laboratoriais e ambulatório de assistência dos casos mais graves da doença. Possui também um Sistema de Vigilância Epidemiológica da Tuberculose Multirresistente – TBMR, que possibilita a notificação e o acompanhamento de todos os casos da enfermidade; o gerenciamento do envio e estoque dos medicamentos e da pesquisa; e emissão de relatórios epidemiológicos e operacionais.

No campo de ensino, a Fiocruz, por meio do Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas (Ipec), oferece cursos, assessora programas do Ministério da Saúde, elabora manuais, atua no atendimento de casos de TB pulmonar, extrapulmonar, entre outros. Também possui um Laboratório de Bacteriologia, que participa de estudos da rede pública no campo e recebe amostras de dentro e fora da instituição. 

Na regional da Fundação em Pernambuco (Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães/Cpqam), o Laboratório de Imunoepidemiologia do Departamento de Imunologia tem como principal linha de pesquisa o diagnóstico da tuberculose pulmonar e extrapulmonar por meio de testes moleculares e imunológicos de pacientes provenientes da rede SUS do estado. 

A Fundação ainda conta com um Laboratório de Genômica Funcional e Bioinformática, um Laboratório de Hanseníase, e um Laboratório de Microbiologia Celular. As três instâncias pertencem ao Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz).