Consultas especializadas podem ser solicitadas por médicos de outras unidades públicas de saúde, nos casos em que o responsável pelo atendimento precise da opinião de um infectologista para realizar um diagnóstico ou para indicar o tratamento mais adequado de pessoas com suspeita ou diagnóstico já confirmado de alguma doença infecciosa. Ao final do serviço o cidadão será orientado sobre a continuidade do cuidado à sua saúde, que pode ser realizado no próprio Instituto Nacional de Infectologia, dependendo da enfermidade em questão.