A Coleção da Seção de Anatomia Patológica (CSAP) faz parte do Museu da Patologia da Fiocruz, cuja história se confunde com a do início da histopatologia no Brasil. A histologia patológica só começou a se desenvolver no princípio do século XX em dois núcleos: um deles no Hospital Nacional de Alienados, então localizado na Praia Vermelha, onde a pesquisa anátomo-patológica não teve longa duração; o outro no Instituto Oswaldo Cruz (iniciado por Henrique da Rocha Lima) onde, realmente, se criou e desenvolveu a primeira Escola Brasileira de Anatomia e Histologia Patológicas.
O ano de 1903 é considerado o Início do Museu de Patologia de Manguinhos. No dia 23 de março deste ano, Oswaldo Cruz tomou posse para o seu primeiro mandato como diretor-geral da Diretoria Geral de Saúde Pública, tendo entre os seu planos prioritários a erradicação da febre amarela. Para tanto, Oswaldo Cruz incumbiu os pesquisadores do então Instituto Soroterápico de Manguinhos de realizarem o estudo da anatomia patológica da febre amarela e de seu diagnóstico necroscópico e que, após a necropsia, os principais órgãos com alteração deveriam ser conservados pelo método de Kaiserling e recolhidos ao Museu do Instituto Soroterápico de Manguinhos. Nesta época, todo o material examinado era procedente das dezenas de autópsias ocorridas no Hospital de Isolamento São Sebastião.
O Decreto n. 17.512 de 1926, confirmou o novo regulamento com a ampliação dos objetivos e das atribuições do Instituto Oswaldo Cruz, especificando nas seções cientificas as normas para organização, conservação e controle das coleções cientificas e a organização de museus. A Seção de Anatomia Patológica, uma das seções pioneiras de Manguinhos que além de ser responsável pela manutenção do Museu da Patologia, realizava ainda necropsias em diversos hospitais da cidade, diagnóstico em peças cirúrgicas, e estudo da histologia normal e embriologia. O Artigo 16 do Regulamento previa: "O Serviço de Patologia e Cirurgia será destinado ao diagnóstico de pecas cirúrgicas enviadas ao Instituto, e servirá, ainda para maior desenvolvimento do Museu". O Artigo 17 destinava-se ao estabelecimento de procedimentos para a manutenção e preservação do Museu de Anatomia Patológica. Este item estipulava que os resultados dos trabalhos e pesquisas de necropsias seriam regular e cuidadosamente protocolados, tarefa que deveria ser completada junto ao museu através da catalogação das pecas anatômicas estudadas. O Artigo 18 tratava especialmente da obrigatoriedade da organização de uma Coleção de preparados de histologia normal e patológica, de embriologia comparada e de embriologia humana.
Foram difíceis e acidentados os primeiros quinze anos de sua história. Embora sejam múltiplas as contribuições originais da Escola de Manguinhos para o conhecimento anátomo-patológico das doenças observadas em nosso País, destacam-se aquelas referentes à febre amarela e à Doença de Chagas.
No seu apogeu, a Divisão de Patologia contava com elementos competentes nos mais diversos aspectos da anatomia patológica especial. Esta divisão gerou um vasto acervo de peças anatômicas, fruto de um movimento de necrópsias de até seis indivíduos por dia, oriundos do Hospital do Instituto (hoje, Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas - IPEC), da Santa Casa de Misericórdia do Rio de Janeiro e do Hospital São Francisco de Assis.
Em determinado momento, este acervo ocupava 40 grandes armários expositivos, localizados onde hoje fica o Pavilhão Carlos Chagas, campus de Manguinhos. Infelizmente, no período compreendido entre o final da década de 1960 e a década de 1970, a Divisão, bem como todo o Instituto como um todo, atravessou grave crise que resultou em perda significativa desse patrimônio. Em 1981, o IOC foi reorganizado em Departamentos e a Divisão de Patologia deu origem ao Departamento de Patologia do IOC que tem ainda hoje a guarda do acervo de peças macroscópicas e respectivas lâminas histológicas que "contam" a história e as contribuições da Patologia de Manguinhos para a ciência nacional e internacional.
A CSAP tem como missão promover a salvaguarda do Patrimônio gerado a partir do material coletado para estudo e diagnóstico durante os trabalhos realizados por esta Seção/Divisão durante as décadas de 1903 e 1970, procedentes de todo o Brasil, inclusive promovendo a divulgação científica desta coleção, bem como a busca por fomento e colaborações para a pesquisa científica em seu acervo biológico.
A CSAP visa re-estruturar, organizar e modernizar o acervo da Coleção da Seção de Anatomia Patológica através da recuperação das peças anatômicas, da realização de um inventário informatizado contemplando a criação de um banco de dados para gerenciamento das informações, transformando-a em um espaço não-formal de ensino-aprendizagem que permita a fruição dos conhecimentos científicos para os visitantes e fomente a pesquisa pluridisciplinar neste acervo, suscitando parcerias nacionais e internacionais.