O serviço desenvolve e coordena ensaios de proficiência para fornecer aos laboratórios analíticos brasileiros um meio de avaliar a confiabilidade dos resultados. Ensaios de Proficiência (EP) são estudos interlaboratoriais utilizados como ferramentas de avaliação externa e demonstração da confiabilidade dos resultados analíticos laboratoriais. Servem também para identificar falhas e possibilitar a tomada de ações corretivas ou preventivas. O INCQS oferece rodadas em ensaios de proficiência na área de produtos sujeitos à Vigilância Sanitária.