Farmanguinhos realiza a produção e distribuição de medicamentos sob demanda do Ministério da Saúde (MS) e das secretarias de saúde atendendo diversos programas prioritários. O fornecimento tem como objetivo atender às necessidades do Sistema Único de Saúde (SUS) e não há venda direta para a população. Os cidadãos devem procurar as unidades de atendimento do SUS e seguir as orientações recebidas nessas instâncias para obter os medicamentos necessários.
Os programas do Ministério da Saúde para os quais são fornecidos medicamentos de forma centralizada são:
- IST, AIDS e Hepatites Virais - ARV´s
- Componente Especializado - Oncologia
- Componente Especializado - Parkinson
- Componente Especializado - Hiperfosfatemia
- Alimentação e Nutrição
- Endemias Focais - Filariose
- Endemias Focais - Malária
- Influenza - H1N1
- Componente Especializado - Antivirais
- Componente Especializado - Imunossupressor
- Componente Especializado -Hiperprolactnemia /Acromegalia
- Tuberculose
- Componente Especializado - Esquistossomose