O Laboratório de Flavivírus atua como Laboratório de Referência Regional para zika, realizando diversas análises sorológicas e moleculares para identificação de amostras de zika. As informações geradas no Laboratório auxiliam os órgãos de vigilância nacionais no monitoramento de epidemias, introdução de vírus exóticos e esclarecimento em diagnósticos imprecisos. O serviço tem como público principal os Laboratórios Centrais de Saúde Pública (LACEN), as secretarias de saúde estaduais e municipais e as instituições públicas de saúde.