O Laboratório de Flavivírus é referência regional para o zika vírus. Realiza diversas análises sorológicas e moleculares para identificar amostras do vírus. As informações coletadas no laboratório ajudam os órgãos de vigilância a monitorar epidemias, identificar vírus novos e esclarecer diagnósticos imprecisos. O serviço tem como público principal os Laboratórios Centrais de Saúde Pública (LACEN), as secretarias de saúde estaduais e municipais e as instituições públicas de saúde.