Rede da Fiocruz propõe fluxo que aperfeiçoa vigilância genômica

Uma nova atualização dos resultados obtidos pela vigilância sobre as linhagens e variantes do vírus Sars-CoV-2 no Brasil foi divulgada, nesta sexta-feira (25/3), pela Rede Genômica Fiocruz. Os dados são relativos ao período que vai de 4 a 17 de março deste ano. Um dos destaques da atualização é a análise de um caso de codetecção de linhagens de Sars-CoV-2 (linhagem majoritária Delta AY.43 e linhagem minoritária Omicron BA.1) em uma amostra coletada no Amapá. De acordo com os dados genômicos da região, ambas as linhagens circulavam no período. Em função disso, e visando aperfeiçoar a capacidade da vigilância genômica do Sars-CoV-2 no Brasil de identificar codetecções, excluindo a possibilidade de contaminação e ainda identificar formas recombinantes do vírus, a Rede Genômica Fiocruz está propondo um fluxo de análise que diferencie codetecção e recombinação. A Rede Genômica Fiocruz também vem atuando na vigilância de outros vírus respiratórios, em especial o Influenza A (H3N2), que causou epidemia entre o fim de 2021 e o início de 2022.

Rede Genômica Fiocruz está propondo um fluxo de análise que diferencie codetecção e recombinação (foto: Josué Damacena, IOC/Fiocruz)

A atualização informa que casos de linhagens recombinantes entre as variantes Ômicron e Delta foram identificados em diferentes partes do mundo. Apesar de ser um evento considerado raro, merece monitoramento intenso, devido aos possíveis impactos para a saúde coletiva. O texto destaca que a detecção de variantes recombinantes é complexa e que não é simples diferenciar casos de codetecção (quando duas linhagens diferentes estão presentes ao mesmo tempo na amostra, seja por coinfecção, contaminação do experimento com material genético do ambiente ou de outra amostra) de casos reais de recombinação (onde houve a mistura dos genomas de linhagens diferentes, formando uma nova variante).

De acordo com os pesquisadores da Rede Genômica Fiocruz, para melhorar a capacidade da vigilância genômica do Sars-CoV-2 no Brasil de identificar codetecções, excluindo possibilidade de contaminação, e ainda identificar formas recombinantes do vírus, é fundamental que todas as rodadas de sequenciamento genômico sejam acompanhadas de uma amostra controle negativo. Este controle deve, preferencialmente, passar por todas as etapas da amostra, desde a extração de RNA. Quando isto não for possível, o controle deve ao menos estar presente na etapa de geração do DNA complementar (cDNA). Isto porque, caso ao final deste processo, haja DNA complementar na controle negativo, isto sugere uma contaminação no processo de amplificação.

De acordo com os pesquisadores da Rede Genômica Fiocruz, é fundamental que todas as rodadas de sequenciamento genômico sejam acompanhadas de uma amostra controle negativo (foto: Josué Damacena, IOC/Fiocruz)

Com base nos resultados de sequenciamento comparados com o controle negativo, a plataforma ViralFlow, desenvolvida na Fiocruz Pernambuco, é capaz de distinguir entre possíveis codetecções e eventos de contaminação de amostras. O ViralFlow automatiza ainda vários processos importantes para a vigilância genômica de forma centralizada e ágil. O passo seguinte é o envio para o Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo do Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz), que é referência nacional, para que sejam feitas análises complementares. Adicionalmente, a avaliação minuciosa das sequências, consensos e leituras de sequenciamento, pode fornecer às equipes de pesquisa evidências de recombinação.

De qualquer forma, segundo a Rede Genômica Fiocruz, nos dois casos é de extrema relevância que seja feita uma comunicação com o Laboratório de Referência Nacional da Fiocruz, a Coordenação-Geral de Laboratório de Saúde Pública (CGLab/MS), as vigilâncias e os Lacens estaduais, para entender o impacto epidemiológico. Assim será possível traçar estratégias para coletar uma maior amostragem local e de contatos do caso onde a suposta recombinante foi identificada para avaliação de transmissão comunitária; conhecer o cenário epidemiológico no momento da identificação do caso na região; e entender o desfecho clínico do caso. A Rede ressalta ainda que eventos de recombinação podem ser apenas casos pontuais, detectados nas leituras de sequenciamento, mas que não trazem uma vantagem para a linhagem viral recombinante e não estão em circulação na comunidade.

No período desta nova atualização da Rede Genômica Fiocruz (4 a 17 de março), o Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo do Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz), no Rio de Janeiro, e os laboratórios integrantes da Rede Genômica Fiocruz em outros sete estados (Amazonas, Bahia, Ceará, Minas Gerais, Piauí, Paraná e Pernambuco) produziram 1.740 genomas. Esses oito centros de monitoramento atendem aos 26 estados e ao Distrito Federal. 

Há atualmente mais de mil linhagens definidas do vírus Sars-CoV-2, mas apenas cinco foram identificadas como variantes de preocupação, com impacto significativo na saúde pública (foto: Josué Damacena, IOC/Fiocruz)

As informações foram coletadas pelos pesquisadores da Rede a partir da parceria e colaboração com os Laboratórios Estaduais de Saúde Pública (Lacens), da Coordenação-Geral de Laboratórios do Ministério da Saúde, de Laboratórios de Assistência Diagnóstica da Fiocruz e outras instituições brasileiras. O acesso à base de dados EpiCoV do Gisaid, uma iniciativa internacional de vigilância genômica de novo coronavírus e influenza, também auxilia o trabalho de monitoramento da Rede.

A amostragem utilizada pela Rede Genômica Fiocruz em apoio à rede nacional de vigilância de vírus respiratórios está baseada em dois pilares fundamentais. Um é a amostragem representativa dos casos positivos para Sars-CoV-2 por teste RT-PCR em tempo real realizados em cada unidade da Federação. Outro são as amostras de eventos inusitados identificados pelas vigilâncias locais. Há atualmente mais de mil linhagens definidas do vírus Sars-CoV-2, mas apenas cinco foram identificadas como variantes de preocupação, com impacto significativo na saúde pública, devido a características como maior capacidade de transmissão e infecção, maior capacidade de escape de anticorpos ou uma combinação destas.

Confira a relação completa de todas as instituições que integram a Rede Genômica Fiocruz, que reúne especialistas de todas as unidades da Fundação no Brasil e também de institutos parceiros