Unidade normatizadora da gestão central, suas atividades concentram-se no planejamento, na coordenação, na supervisão e na execução das operações comerciais, da gestão econômico-financeira e de informações gerenciais.
Administra os recursos financeiros, exercendo o papel de “setorial contábil”. Acompanha a execução orçamentária dos recursos alocados nas diversas unidades da Fiocruz e gere os processos de aquisição de bens e serviços, entre outros serviços. Também é responsável pela coordenação administrativa do programa Farmácia Popular do Brasil.