Com uma área de 5 milhões de m² – equivalente a 500 estádios do Maracanã –, o CFMA fica no Maciço da Pedra Branca, parcialmente sobreposto ao parque estadual de mesmo nome. A área nativa preservada ou em processo de recuperação equivale a mais de 80% do campus.
Seu entorno apresenta forte degradação, resultante de uma ocupação urbana densa e desordenada, que impacta a saúde da população, a fauna e a flora regionais.
Exceto a área de conservação da Mata Atlântica – sob os cuidados dos governos federal e estadual – e das unidades escolares e hospitalares, toda a extensão da antiga Colônia é hoje ocupada por comunidades.
Em função disso, o território foi contemplado pelo Programa de Aceleração do Crescimento do governo federal, constituindo o PAC-Colônia, que conta com a participação do CFMA em seu comitê gestor.
O programa objetiva a requalificação urbana, criando um novo bairro na cidade, dotado com as estruturas de água, esgoto, iluminação pública, pavimentação, drenagem, além de novos equipamentos sociais (creches, escolas, contando com diversas equipes de Estratégia da Saúde da Família, entre outros), melhorias dos acessos e dos transportes urbanos. Os investimentos visam ainda regularizar a moradia de cerca de 8 mil famílias.
Os desafios socioambientais podem ser dimensionados pelas características da CJM, que apresenta também: