A Cogeplan é a o órgão seccional da Fiocruz responsável por auxiliar a presidência na tomada de decisões estratégicas, mediante a realização de pesquisas, desenvolvimento de insumos estratégicos para a saúde e formulação, implementação e avaliação de políticas públicas.
Unidade de apoio à Presidência, ao Conselho Deliberativo e a outros órgãos da Fiocruz na tomada de decisões estratégicas, que tem a função de planejar, coordenar, supervisionar e executar as atividades inerentes aos sistemas federais de planejamento e orçamento, e de organização e inovação institucional no âmbito da Fiocruz.