A Coordenação da Qualidade (CQuali), em interlocução com as unidades da Fiocruz, trabalha no aprimoramento das práticas e processos institucionais. Sua atuação é orientada por normas e regulamentos nacionais e internacionais de gestão da qualidade e alinhada às orientações normativas e às políticas governamentais da administração pública federal.
O Sistema de Gestão da Qualidade Fiocruz é estabelecido, implementado e mantido no âmbito da Vice-presidência de Gestão e Desenvolvimento Institucional (VPGDI), por meio da Coordenação da Qualidade da Fiocruz, que exerce a Secretaria Executiva do Comitê Gestor. O Comitê Gestor do Programa de Gestão da Qualidade da Fiocruz tem a responsabilidade de propor diretrizes para o acompanhamento dos Sistemas Locais de Gestão da Qualidade da Fiocruz, e de apoiar a sua implementação.
A Política da Qualidade Fiocruz expressa o escopo e as diretrizes do Sistema de Gestão da Qualidade na instituição. O resultado desse trabalho é a consolidação gradual de uma cultura de excelência e integridade, com foco no usuário e na adoção de boas práticas organizacionais, em conformidade com a missão, a visão, os valores e os planos institucionais.