La Presidencia de Fiocruz está compuesta por el Presidente y cinco Vicepresidentes: 1) Medio ambiente, atención y promoción de la salud; 2) Educación, Información y Comunicación; 3) Gestión y Desarrollo institucional; 4) Investigación y Laboratorios de Referencia; y 5) Producción e Innovación en Salud. Además hay tres órganos de asistencia directa a la Presidencia: la Oficina, la Fiscalía Federal y la Coordinación de Comunicación Social (CCS).
El 7º Congreso Interno de la Fundación, en 2015, estableció como órganos vinculados a la Presidencia de la Fiocruz: la Dirección Regional de Brasilia (Direb), el Defensor del Pueblo, el Centro de Relaciones Internacionales en Salud (Cris), el Centro de Desarrollo Tecnológico en Salud (CDTS), el Centro de Estudios Estratégicos (CEE), la Coordinación de Cooperación Social (CCS), la Coordinación de Calidad, la Coordinación de Gestión de Tecnología de la Información (CGTI), la Coordinación de Gestión de la Tecnología (Gestec), el Canal Saúde - TV pública sobre salud -, la Editora Fiocruz y la Oficina Fiocruz África.
Oficinas regionales em las provincias de Ceará, Mato Grosso do Sul, Piauí y Rondônia también están relacionadas con el sector. Los campi de Petrópolis (Foro Itaboraí) y el Bosque Atlántico (Mata Atlântica), en Río de Janeiro, son proyectos articulados por la Presidencia. El sector también lleva a cabo la supervisión de los órganos colegiados de la Fundación, como el Consejo Deliberante, la Junta y el Congreso Interno de la Fiocruz.
Consulte el Informe Final del 7º Congreso interno y comprender la formación y las habilidades de la estructura general de la Presidencia.