La Coordinadoría de Comunicación Social (CCS), vinculada a la Presidencia de la Fiocruz, es responsable de definir las directrices y centralizar el trabajo de comunicación en la institución. Ella actúa en tres ejes: asesoría de prensa y producción periodística, comunicación interna, y comunicación institucional y formación de la imagen pública de la Fundación. Los núcleos de comunicación formados en las diferentes unidades de la Fiocruz actúan de manera integrada a la CCS, responsable de orientarlos, articularlos y acompañarlos en lo que dice a respecto a la implantación y a la ejecución de las estrategias de comunicación.
El objetivo de la CCS es divulgar el trabajo institucional y la producción científica de la Fundación y hacer valer aquella que ha sido una de las cláusulas pétreas de su política: control social con prestación de cuentas permanente del dinero público que es aplicado en cada metro cuadrado de Manguinhos y también en las unidades repartidas por el Brasil. Además de eso, la CCS desempeña un papel importante en la consolidación de la Fiocruz como órgano comprometido con la política nacional de salud pública. El servicio de asesoría de prensa prestado a los vehículos de comunicación es centralizado en la CCS, que actúa en articulación con los núcleos de comunicación de las unidades de la Fundación.
La CCS es responsable por la edición y publicación de la Revista de Manguinhos, vehículo oficial de la Presidencia de la Fiocruz, y del periódico Línea Directa, de circulación interna, dirigido a los servidores de la Fundación. El sector también produce el contenido vehiculado por la Web TV Fiocruz – además de mantener el sistema activo – y por la Agencia Fiocruz de Noticias, sitio web destinado para periodistas, que en él buscan pautas y materias.