La articulación de las decisiones relativas a las acciones internacionales para asesorar a la Presidencia y el Consejo Deliberativo de Fiocruz es ejercida en dos instancias, ambas coordinadas por el Cris: la primera con representación de las vicepresidencias (GPI) y la segunda con la participación de todas las unidades técnico-científicas y administrativas de la Fundación (CTSI).
El Grupo de Programación Internacional (GPI) está destinado a acompañar las negociaciones con instituciones extranjeras que puedan generar programas de cooperación y contar con la participación de los institutos de Fiocruz. Para ello, puede convocar grupos de trabajo, tomando en consideración la especificidad temática de cada vicepresidencia.
La Cámara Técnica de Cooperación Internacional (CTCI) tiene como objetivo el formular y evaluar las políticas y la articulación de las acciones internacionales emprendidas por todas las unidades, institutos y vicepresidencias de Fiocruz, además de desarrollar y acompañar tanto sus acciones como programas en la esfera internacional.
Los instrumentos de orientación colegiada representan espacios privilegiados para las discusiones sobre orientaciones estratégicas a ser seguidas en el intercambio internacional de la institución y para la troca de experiencias y sinergias entre las áreas en sus acciones y programas con otros países.