La Fundación está instalada en 10 estados y cuenta con una oficina en Maputo, capital de Mozambique, en África. Además de los institutos con sede en Rio de Janeiro, la Fiocruz tiene unidades en las regiones Nordeste, Norte, Sudeste y Sur del Brasil. A partir de sus proyectos de ampliación, fueron creadas bases para la institucionalización de unidades - oficinas - en Ceará, Mato Grosso do Sul, Piauí y Rondônia. En total, son 16 unidades técnico-científicas, dedicadas a la enseñanza, pesquisa, innovación, asistencia, desarrollo tecnológico y extensión en el ámbito de la salud. Hay también una unidad técnica de apoyo, actuante en la producción de animales de laboratorio y derivados de animales. Las cuatro unidades técnico-administrativas son dedicadas a la gestión física de la Fundación, a sus operaciones comerciales y a la gestión económico-financiera.
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