Fiocruz cuenta actualmente con seis áreas reconocidas como Centros Colaboradores de la Organización Panamericana de la Salud y de la Organización Mundial de la Salud. La designación más reciente (en 2014) fue la del Centro Colaborador en Salud Mundial y Cooperación Sur-Sur, que, por su naturaleza, debe acompañar el desarrollo de los demás Centros.
Salud Mundial y Cooperación Sur-Sur - Programa de trabajo:
Salud Pública y Ambiental, es coordinado por la Vicepresidencia de Ambiente y Atención a la Salud (VPAAS)
Ceguera en la Infancia, es coordinado por el Instituto Nacional de Salud de la Mujer, del Niño y del Adolescente Fernandes Figueira (IFF)
Leptospirosis, es coordinado por el Instituto Oswaldo Cruz (IOC)
Políticas Farmacéuticas, es coordinado por el Núcleo de Asistencia Farmacéutica de la Escuela Nacional de Salud Pública Sergio Arouca (NAF/Ensp)
Educación de Técnicos en Salud, es coordinado por la Escuela Politécnica de Salud Joaquim Venâncio (EPSJV).