La Vicepresidencia de Gestión y Desarrollo Institucional (VPGDI) es responsable por articular el sistema democrático y participativo de gobernanza de la organización al modelo de gestión estratégica, por medio del fomento y de la formulación de políticas, programas y proyectos, así como estableciendo mecanismos para viabilizar que promuevan el fortalecimiento institucional.
De entre sus actividades, la VPGDI se dedica a la creación, al desarrollo y al perfeccionamiento de instrumentos incrementales e innovadores de gobernanza y gestión, en la busca continua del desempeño gerencial con crecimiento y sostenibilidad organizacional.
Su estructura funcional está compuesta por las Unidades Técnico-Administrativas (Directoría de Administración, Directoría de Administración del Campus, Directoría de Planificación Estratégica y Directoría de Recursos Humanos), por la Coordinación de Gestión y Tecnología de la Información (CGTI), Coordinación de la Calidad de la Fiocruz (CQUAL), así como, por las asesorías directas de la VPGDI.
En el Sistema de Gestión Democrático y Participativo de Gobernanza de la organización, la VPGDI dispone de instancias colegiadas consultivas, que buscan apoyar las tomas de decisión de la alta administración de la Fiocruz, de entre ellas están: el Colectivo de Gestores, la Cámara Técnica de Gestión y Desarrollo Institucional, los Fórums de Planificación, Administración y de Recursos Humanos.
De entre los colegiados se destaca la Cámara Técnica de Gestión y Desarrollo Institucional, coordinada por el propio Vicepresidente, compuesta por los integrantes de la Directoría Ejecutiva, por los vicedirectores de gestión de las Unidades Técnico-Científicas y Unidad de Apoyo y las respectivas asesorías de gestión de las vicepresidencias de la Fiocruz. La Cámara Técnica posee papel estratégico en la contribución de la reflexión sobre problemas vinculados a la gobernanza, gestión e infraestructura en Salud, asumiendo una postura propositiva y de monitoreado de políticas y proyectos en las sus áreas de competencia.
La VPGDI asume, igualmente, la interlocución ejecutiva de la Presidencia de la Fiocruz para con las entidades de colaboración de gestión, que son: la Caja de Asistencia Instituto Oswaldo Cruz - Fiosaúde, el Instituto de Previdencia Oswaldo Cruz - Fioprev y la Fundación para el Desarrollo Científico y Tecnológico en Salud (Fiotec), instituciones destinadas a apoyar y a desarrollar servicios de utilidad en salud para los trabajadores, sus dependientes y pensionistas de la Fiocruz, así como para los proyectos de pesquisa y desarrollo tecnológico en salud de interés de la Fiocruz.