Fiocruz mantiene relaciones con las principales instituciones científico-tecnológicas y de promoción del desarrollo en el mundo, con instituciones multilaterales, regionales y subregionales, con entidades públicas y privadas de diversos países y con innumerables universidades. A continuación, algunas de estas entidades:
Organizaciones multilaterales
Banco Mundial
Fondo para la Infancia de las Naciones Unidas (Unicef)
Organización de las Naciones Unidas (ONU)
Organización Mundial de la Salud (OMS)
Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (Pnud)
Programa de las Naciones Unidas para el Medio Ambiente (Pnuma)
Programa Conjunto de las Naciones Unidades sobre VIH/SIDA (Unaids)
Organizaciones regionales y sub-regionales
Comunidad de los Países de Lengua Portuguesa (CPLP)
Mercado Común del Sur (Mercosur)
Organización del Tratado de Cooperación Amazónica (OTCA)
Organización Panamericana de la Salud (OPS)
Unión de Naciones Sudamericanas (Unasur)
Instituciones públicas y privadas
Cooperación Alemana al Desarrollo (GTZ)
Agencia Canadiense para el Desarrollo Internacional (Cida)
Agencia de Cooperación Internacional del Japón (Jica)
Alianza Mundial para el Desarrollo de Medicamentos para la Tuberculosis (TB Alliance)
Alianza Francesa por las Ciencias de la Vida y de la Salud (Aviesan) - Francia
Asociación de las Universidades de Lengua Portuguesa (Aulp)
Centros para el Control y Prevención de Enfermedades (CDC) - EEUU
Centro Internacional de Investigaciones para el Desarrollo (IDRC) - Canadá
Iniciativa Medicamentos para Enfermedades Olvidadas (DNDI) - Multilateral
Institutos Nacionales de Salud (NIH) - EEUU
Red International de Institutos Pasteur (Riip) - Francia