La Fiocruz firma convenios con diversas instituciones, entidades y empresas brasileñas, con el objetivo de ampliar y mejorar sus actividades de pesquisa, desarrollo tecnológico y formación de recursos humanos. Sus socios incluyen universidades, centros de pesquisa, órganos gubernamentales y entidades privadas.
Informaciones adicionales sobre convenios nacionales pueden ser obtenidas en la Directoría de Planificación Estratégica (Diplan).