Las unidades de Fiocruz ofrecen diversos servicios de salud, siempre articulados a sus actividades de enseñanza y investigación. Todos los años son realizadas más de 80 mil consultas en clínicas de atención básica y casi 130 mil procedimientos, además de millares de hospitalizaciones. Sus dos hospitales son referencia en las áreas de salud de la mujer (Instituto Nacional de Salud de la Mujer y del Niño - IFF/Fiocruz) y enfermedades infecciosas (Instituto de Investigación Clínica Evandro Chagas - Ipec/Fiocruz).
Los laboratorios de la Fundación realizan más de 210 mil exámenes de referencia y tienen el reconocimiento de la Organización Mundial de Salud (OMS) y de la Organización Panamericana de Salud (Opas).