O Inova Fiocruz busca estimular a pesquisa, o desenvolvimento tecnológico e a inovação com ações articuladas em todas as áreas de atuação institucional. 

O programa está estruturado em 4 eixos: 

1. Institucional e Cadeia Produtiva

Tem como objetivo o desenvolvimento de chamadas específicas que possam cobrir as etapas da cadeia de inovação desde a pesquisa até a produção, articulando estudos sociais, educacionais e de saúde coletiva. Editais em andamento: Ideias Inovadoras; Geração do Conhecimento; Geração do Conhecimento-Novos Talentos, Produtos Inovadores (2 rodadas realizadas, uma em 2018 e outra em 2019), Inova Gestão.

2. Encomendas Estratégicas

Este eixo tem como objetivo atender a demandas específicas da Fiocruz de acordo com a agenda prioritária do Ministério da Saúde, emergências sanitárias e órgãos internacionais. Editais em elaboração: Animais Peçonhentos, Violência e Saúde, Genética de Doenças Raras, Inova Covid-19 - Resposta rápida, Inova Covid-19 - Geração de Conhecimento, Equipamentos Inova, Territórios Sustentáveis e Saudáveis no contexto da pandemia Covid-19.

3. Redes e Capacitação

Este eixo tem como objetivo o suporte à formação e capacitação de excelência em áreas de geração do conhecimento e inovação, bem como ao estabelecimento de redes de colaboração em pesquisa. Editais em andamento: Pós-Doutorado Júnior; Empreendedorismo (Inova Labs).

4. Desenvolvimento Regional

Este eixo tem como objetivo  a promoção do desenvolvimento regional com vistas a atender demandas de saúde locais e potencializar a obtenção de recurso através da parceria com as FAPs, onde o financiamento é partilhado com a unidade técnico-científica e a Agência de fomento estadual. Já estão em andamento os projetos com os Institutos nos estados de Pernambuco, Ceará, Bahia e Paraná.