Fiocruz ha ejercido, históricamente, una vasta actuación internacional, estableciendo y fortaleciendo el intercambio con instituciones de salud y de ciencia y tecnología en diversos países, actividad que actualmente es coordinada por el Centro de Relaciones Internacionales en Salud (Cris).
En este contexto, la asistencia técnica internacional prestó, a lo largo de los años, un importante apoyo al desarrollo de la Fundación. Inicialmente, en una relación Norte-Sur, dependiendo de la prospección realizada por investigadores específicos. Y, posteriormente, asumiendo mayor grado de institucionalización, con la participación de entidades de países aliados y organismos multinacionales.
La Fundación mantiene estrechas relaciones con las áreas internacionales del gobierno brasileño, principalmente con el Ministerio de Salud, por medio de la Asesoría Internacional en Salud (AISA), y con el Ministerio de Relaciones Exteriores, a través de sus secretarías técnicas y la Agencia Brasileña de Cooperación (ABC). De esta forma, Fiocruz reafirma su posición de institución estratégica del Estado nacional (y como un importante) protagonista del intercambio en salud mundial.
Se agrega a esto una serie de iniciativas multinacionales que cuentan con la participación de Fiocruz, incluyendo su presencia en los consejos de las instituciones mundiales (en salud) que las promueven (ONU, OMS etc.), en especial en las negociaciones sobre nuevas orientaciones políticas en el período post 2015. O, inclusive, en reuniones internacionales, tales como la Conferencia de Determinantes Sociales de la Salud (2011), Rio+20 (2013) y los debates sobre los objetivos relativos al sector Salud en el contexto de las Metas de Desarrollo Sostenible.
Recientemente, cuando alcanzó el status de economía emergente, Brasil adoptó una orientación diplomática favorable a la cooperación internacional horizontal. Siguiendo ese movimiento, Fiocruz pasó a apoyar el área de salud en países en desarrollo, en una relación Sur-Sur.
La Fundación cuenta además con el reconocimiento de la Organización Panamericana de la Salud/Organización Mundial de la Salud (OPS/OMS). Vale la pena señalar que fueron designados siete Centros Colaboradores de la institución en la red internacional de las organizaciones, lo que confirma su excelencia en salud mundial.