A Fiocruz tem sua sede em Manguinhos, na Zona Norte do Rio de Janeiro, onde estão os prédios históricos do antigo Instituto Soroterápico Federal – como o Pavilhão Mourisco, o Pavilhão do Relógio e a Cavalariça. Outras seis unidades finalísticas estão nas cidades do Rio de Janeiro, Belo Horizonte, Salvador, Recife, Manaus, Brasília e Curitiba. Existem ainda novas unidades que estão em estruturação nos estados de Mato Grosso do Sul, Ceará, Rondônia e Piauí.

Além de atividades de pesquisa, unidade é responsável pela preservação da memória da instituição
Instituto Carlos Chagas é unidade voltada, entre outras atividades, para as pesquisas em biologia celular e molecular
Avenida Brasil, 4036, Manguinhos
CEP: 21.041-361
Contato: (21) 3882-9000
Avenida Rui Barbosa, 716, Flamengo
CEP: 22.250-020
Contato: (21) 2554-1700
Avenida Comandante Guaranys, 447, Jacarepaguá
CEP: 22.775-903
Contato: (21)3348-5050
Estrada Rodrigues Caldas, 3400, Curicica
CEP: 22.713-375
Contato: (21)2446-6673
Rua Visconde de Itaborai, 188, Valparaiso
CEP: 25.655-030
Contato: (24) 2231-0477
Avenida L3 Norte, s/n, Campus Universitário Darcy Ribeiro, Gleba A, SC 4
CEP: 70.910-900
Contato: (61)3329-4500
Avenida Augusto de Lima, 1715, Barro Preto
CEP: 30.190-002
Contato: (31)3349-7700
Rua Professor Algacyr Munhoz Mader, 3775, Cidade Industrial
CEP: 81.350-010
Contato: (41)3316-3230
Avenida Professor Moraes Rego, s/n, Cidade Universitária
CEP: 50.670-420
Contato: (81) 2101-2500