A Editora Fiocruz mantém uma série de parcerias dentro e fora da Fundação Oswaldo Cruz.
Com a VideoSaúde Distribuidora, participa da iniciativa do selo Fiocruz Vídeo, que visa a democratizar o acesso ao conhecimento em saúde pública por meio da difusão de audiovisuais. Os DVDs que levam o selo podem ser adquiridos, a baixo custo, na própria Editora.
Com o Canal Saúde, mantém o Ciência & Letras, programa de entrevistas sobre temas ligados ao universo da literatura e da pesquisa.
Com o objetivo de maximizar a visibilidade, a acessibilidade, o uso e o impacto dos livros acadêmicos brasileiros, também integra o projeto SciELO Livros, que oferece centenas de livros em formato eletrônico (PDF e Epub), de várias editoras universitárias, tanto em acesso livre quanto em acesso comercial, neste caso por preços reduzidos.
A Editora Fiocruz faz parte da Associação de Editoras Universitárias da América Latina e do Caribe (Eulac) e da Associação Brasileira de Editoras Universitárias (Abeu).
Além disso, junto com a Abrasco Livros e a VideoSaúde, coordena o Espaço Saúde & Letras, que já virou tradição nos congressos da Associação Brasileira de Saúde Coletiva (Abrasco). Ambiente agradável para entrar, sentar, ler, ver, ouvir, dialogar e tomar um café, o Espaço abriga mostra de vídeos, lançamentos editoriais e bate-papos, proporcionando estimulantes encontros entre autores e leitores das áreas da saúde pública.