O PIDI foi concebido em maio de 2018, pela Vice-presidência de Gestão e Desenvolvimento Institucional (VPGDI), como um programa de fomento ao desenvolvimento institucional da Fiocruz, consoante as condições estabelecidas nos documentos Edital do PIDI, Regulamento do Programa de Desenvolvimento Institucional e Política de Desenvolvimento Institucional (Portaria PR 596/2018).
O primeiro ciclo do programa teve início em outubro de 2018, com duração de 24 meses (2018 a 2020), com processo de seleção realizado pela Diretoria Executiva (DE) da VPGDI, tendo sido aprovado um conjunto de 16 projetos.
O atual edital do PIDI, lançado em novembro de 2021, é de fluxo contínuo e tem o processo de seleção e acompanhamento de projetos realizado pela Coordenação Geral de Planejamento Estratégico (Cogeplan).
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