As cirurgias de pequena e média complexidade realizadas pelo IFF destinam-se ao tratamento da maioria das doenças ginecológicas como: hemorragias genitais; mioma uterino; cisto de glândula de bartholin; cistos paraovariano, aderências pélvicas; hidrossalpinge; sangramento na pós menopausa; espessamento endometrial na pós-menopausa; sangramento na perimenopausa com suspeita de lesão endometrial; pólipo endometrial; mioma submucoso; septo uterino e distopias genitais com indicação de cirurgia (prolapso do útero, cistocele e retocele e IUE) e patologias da mama e colo do útero com indicação de cirurgia e/ou necessidade de exérese cirúrgica da lesão.

Os procedimentos cirúrgicos ginecológicos realizados no  IFF na sua grande maioria são cirurgias histeroscópica e videolaparoscópicas e as vias abdominal,vaginal,mama são as mais utilizadas. São eles: avaliação de permeabilidade tubária, exérese de cisto paratubário, histerectomia total, miomectomia, ooforectomia, pan-histerectomia, laqueadura tubária por via vaginal ou videolaparoscópica, lise de aderências pélvicas, ressecção de lesão endometrial e salpingectomia.