A Fiocruz conta com uma série de cooperações institucionais e técnico-científicas com o objetivo de viabilizar suas ações no campo saúde e ambiente. Entre os parceiros, destacam-se:
- Ministério da Saúde (MS) [1]
- Ministério do Meio Ambiente (MMA) [2]
- Ministério do Desenvolvimento Agrário (MDA) [3]
- Conselho Nacional de Secretários estaduais de Saúde (Conass) [4]
- Conselho Nacional de Secretários Municipais de Saúde (Conasems) [5]
- Secretaria de Ciência, Tecnologia e Inovação do Estado do Pará (Secti-PA) [6]
- Secretaria Estadual do Meio Ambiente do Rio Grande do Sul (Sema-RS) [7]
- Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) [8]
- Fundação Nacional de Saúde (Funasa) [9]
- Instituto Nacional da Reforma Agrária (Incra) [10]
- Itaipu Binacional [11]
- Jardim Botânico do Rio de Janeiro [12]
- Museu Paraense Emílio Goeldi [13]
- Observatório Nacional de Saúde do Trabalhador, do Ministério da Previdência Social
- Organização Mundial da Saúde (OMS) [14]
- Organização Pan-americana de Saúde (Opas) [15]
- Universidade Federal do Pará (UFPA) [16]
- Universidade Federal Fluminense (UFF) [17]
- Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) [18]