A Fiocruz firma convênios com diversas instituições, entidades e empresas brasileiras, com o objetivo de ampliar e melhorar suas atividades de pesquisa, desenvolvimento tecnológico e formação de recursos humanos. Seus parceiros incluem universidades, centros de pesquisa, órgãos governamentais e entidades privadas.
Informações adicionais sobre convênios nacionais podem ser obtidas na Coordenação-Geral de Planejamento Estratégico (Cogeplan).