A Fiocruz possui 50 laboratórios e departamentos considerados centros de referência nacional ou internacional por instituições brasileiras e estrangeiras. Fundamentais para as estratégias nacionais de saúde pública, esses centros são capazes de dar respostas imediatas a problemas emergenciais, como epidemias ou novas doenças.
Os laboratórios de referência realizam procedimentos de alta complexidade, para complementação diagnóstica e controle de qualidade analítica de toda a rede. A análise de amostras enviadas por outros laboratórios, hospitais, clínicas e unidades de saúde de todo o país para confirmação de diagnósticos é uma de suas atividades primordiais. Além disso, promovem capacitação de recursos humanos em áreas de interesse ao desenvolvimento da credibilidade e confiabilidade laboratorial, estimulando parcerias que visam à melhoria da qualidade dos diagnósticos.
Para garantir maior eficácia, qualidade e segurança ao processo de recebimento e análise de amostras, diversas ações para o aprimoramento desses laboratórios vêm sendo desenvolvidas pela Fiocruz. Uma delas é o estabelecimento da Central de Recebimento de Amostras, instalada no Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde (INCQS/Fiocruz). Nesse espaço é recebido todo e qualquer material biológico enviado ao campus de Manguinhos, que concentra uma grande parte dos laboratórios de referência da Fiocruz no Rio de Janeiro. O sistema será também aplicado nos laboratórios de referência das unidades localizadas em outros estados.
Outra ação a destacar é a implantação do Sistema Gerenciador de Ambiente Laboratorial (GAL), que permite o gerenciamento e rastreamento de todas as amostras coletadas no país. O módulo de Biologia Médica Humana do GAL, que recebe amostras de sangue de pacientes para verificar a possibilidade de agravos, está implantado em todos os laboratórios de referência da Fiocruz, em Manguinhos e nas unidades de Minas, Bahia e Pernambuco. Os módulos animal (vetores e hospedeiros) e ambiental (água para consumo humano), estão atualmente em fase de implantação.
O GAL é uma iniciativa da Secretaria de Vigilância em Saúde do Ministério da Saúde e sua implantação está prevista em todos os laboratórios como de referência da Fiocruz.