O Congresso Interno é o órgão máximo de representação da comunidade da Fiocruz. A ele compete deliberar sobre assuntos estratégicos relacionados ao macroprojeto institucional, sobre o regimento interno e propostas de alteração do estatuto, bem como sobre matérias que possam interferir nos rumos da instituição.
O evento, que acontece a cada quatro anos, é presidido pelo presidente da Fiocruz e composto por delegados eleitos pelas unidades, em número proporcional aos de seus servidores. A primeira edição do Congresso Interno ocorreu em 1988, durante a gestão de Sérgio Arouca.