A Fiocruz tem recebido diversos títulos de acreditação internacional, concedidos pelo Consórcio Brasileiro de Acreditação (CBA), que aplica o método internacional da organização americana Joint Commission International (JCI).
Em 2007, o Laboratório de Epidemiologia Molecular de Doenças Infecciosas do Instituto Oswaldo Cruz (IOC) foi o primeiro laboratório de pesquisa científica do Brasil a receber o certificado, concedido habitualmente a laboratórios de análises clínicas.
A Fiocruz Pernambuco também recebeu o certificado que atesta a acreditação do Serviço de Referência Nacional em Filarioses. E o Centro de Saúde Escola Germano Sinval Faria, da Escola Nacional de Saúde Pública (Ensp), recebeu o selo em abril de 2012.