A Fiocruz mantém relacionamento com as principais instituições científico-tecnológicas e de fomento ao desenvolvimento no mundo, com instituições multilaterais, regionais e subregionais, com entidades públicas e privadas de diversos países e com inúmeras universidades. Algumas dessas entidades são:
Organizações multilaterais
Banco Mundial [1]
Fundo das Nações Unidas para Infância (Unicef) [2]
Organização das Nações Unidas (ONU) [3]
Organização Mundial da Saúde (OMS) [4]
Programa das Nações Unidas para o Desenvolvimento (Pnud) [5]
Programa das Nações Unidas para o Meio Ambiente (Pnuma) [6]
Programa Conjunto das Nações Unidades sobre HIV/AIDS (Unaids) [7]
Organizações regionais e sub-regionais
Comunidade dos Países de Língua Portuguesa (CPLP) [8]
Mercado Comum do Sul (Mercosul) [9]
Organização do Tratado de Cooperação Amazônica (OTCA) [10]
Organização Pan-Americana da Saúde (Opas) [11]
União das Nações Sul-Americanas (Unasul) [12]
Instituições públicas e privadas
Agência Alemã de Cooperação Técnica (GIZ [13])
Agência Canadense de Desenvolvimento Internacional (Cida [14])
Agência Japonesa de Cooperação Internacional (Jica [15])
Aliança Global para o Desenvolvimento de Drogas contra Tuberculose (TB Alliance [16])
Aliança Nacional para Ciências da Vida e da Saúde (Aviesan [17]) - França
Associação das Universidades de Língua Portuguesa (Aulp [18])
Centro de Controle de Doenças (CDC [19]) - EUA
Centro Internacional de Desenvolvimento da Pesquisa (IDRC [20]) - Canadá
Iniciativa para Drogas contra Doenças Negligenciadas (DNDI [21]) - Multilateral
Instituto Nacional de Saúde (NIH [22]) - EUA
Rede International dos Institutos Pasteur (Riip [23]) - França